Em 1939, quando a Polónia capitula sob o jugo dos nazis, os pais da jovem Alma Belasco enviam-na para casa dos tios, uma opulenta mansão em São Francisco. Aí, Alma conhece Ichimei Fukuda, o filho do jardineiro japonês da casa. Entre os dois brota um romance ingénuo, mas os jovens amantes são forçados a separar-se quando, na sequência do ataque a Pearl Harbor, Ichimei e a família - como milhares de outros nipo-americanos - são declarados inimigos e enviados para campos de internamento. Alma e Ichimei voltarão a encontrar-se ao longo dos anos, mas o seu amor permanece condenado aos olhos do mundo.
Décadas mais tarde, Alma prepara-se para se despedir de uma vida emocionante. Instala-se na Lark House, um excêntrico lar de idosos, onde conhece Irina Bazili, uma jovem funcionária com um passado igualmente turbulento. Irina torna-se amiga do neto de Alma, Seth, e juntos irão descobrir a verdade sobre uma paixão extraordinária que perdurou por quase setenta anos.
Em O amante japonês, Isabel Allende regressa ao estilo que tanto entusiasma o seu público, relatando de forma soberba uma história de amor que sobrevive às rugas do tempo e atravessa gerações e continentes.